一、硕士研究生教育
我院硕士研究生教育遵照学院办学方针，坚持三自原则，坚持基督教中国化方向，旨在培养能够从事神学理论研究与教学，并能承担教会培训及管理等工作的高层次教会人才。
硕士研究生教育学制三年，课程类型包括必修课、主修专业课、辅修专业课、选修课。学衔论文写作实行导师负责制，专业分为圣经神学、系统神学、历史神学和实践神学。
学生按规定修满70个学分（未接受过本院认可的全日制神学教育的普通高校毕业生考入本院研究科，需增加一年修读不低于40个学分的预科课程），通过硕士衔论文答辩，并符合学衔授予相关条件，可授予神学硕士学衔（M.Th.）。
二、教牧博士研究生教育
我院教牧博士研究生教育遵照学院办学方针，坚持三自原则，坚持基督教中国化方向，致力于培养在教会牧养、教会建设与教会管理方面有造诣的高层次人才。毕业生应系统掌握国内外教牧研究的新成果，具有理论与实践相结合的能力，能够为中国教会的发展提供具有前瞻性的建议。
教牧博士研究生教育学制三年，课程类型包括公共必修课、公共选修课、专业必修课、专业选修课、研讨课。学衔论文写作实行导师负责制。
学生按规定修满20个学分，通过教牧博士衔论文答辩，并符合学衔授予相关条件，可授予教牧博士学衔（D.Min.）。
三、神学博士研究生教育
我院神学博士研究生教育遵照学院办学方针，坚持三自原则，坚持基督教中国化方向，致力于培养高层次教学与研究型人才。毕业生应系统掌握国内外基督教相关学科的前沿成果，具备独立开展教学与科研创新的能力，并能对中国教会与神学领域的现实议题提出具有建设性的见解。
神学博士研究生教育学制四年，目前开设了系统神学专业、新约研究专业和基督教伦理学专业。课程类型包括公共必修课、公共选修课、专业必修课、专业选修课、研讨课。学衔论文写作实行导师负责制。
学生按规定修满24个学分，通过神学博士衔论文答辩，并符合学衔授予相关条件，可授予神学博士学衔（D.Th.）。
